加查藏语意为“汉盐”。相传文成公主路过此地时，把一块盐放在一个洞里、从此洞里就流出了盐水，故得名。加查曾是吐蔷时期活动频繁的一处要地。
在1991年的文物普查中，曾调查到在加查县的冷达、加查、安绕、拉绥等乡镇发现过部分石棺葬遗存，这部分石棺葬中有一类为整块石板拼砌而成的石棺，出土有陶钵、陶罐一类的陶器，而未见出土金属器。结合西藏石棺葬遗存的发现情况分析，这类石棺葬有可能属于史前新石器时代的遗存。由此可以推测，加查县的历史可上溯到距今数千年前的原始社会阶段。
随着人类社会发展的进步，吐蕃先民出现了最早的社会组织形态。据敦煌古文献及藏文史籍记载，当时的西藏始有”小邦”44个，之后又出现了所谓“十二小邦”，其时当为吐蕃前期。这些小邦均各有“王”与“大臣”，各据一地，名为“达域”的小邦当时统辖着雅鲁藏布江南岸桑日县以东的广大地区，加查县也大致属于这一范围之内。
至公元7世纪，著名的吐蕃赞普松赞干布先后兼并了境内诸部，建立了统一而强大的吐蕃王朝。当时卫、藏地区分为“四如”，包括加查一带在内的达域被归入“约如”范围，成为拱卫吐蕃都城逻些（今拉萨）的左翼之地。
强盛的吐蕃王朝于公元9世纪分崩离析，西藏社会随之进入一个漫长的分裂割据时期。这一期间各种政、教势力亦先后渗入到加查一带，并与本地割据势力结合形成封建割据局面。
在西藏佛教“后宏期”时，最早出现于加查地区的重要教派势力为宁玛派，但其实际影响不大。约在公元12世纪前半叶，达波噶举派的创世人、米拉日巴两大弟子之一的索南仁钦（即达波拉杰）在加查境内的达拉岗布山创建达拉岗布寺，于此形成达波噶举派的根本道场，并由此逐渐发展形成了达波噶举派所谓“四大八小”各支系。
公元13世纪至16世纪，元、明两代统治者先后在西藏地区设立了行政机构来加强其统治。在元代所设的“十三万户”中，加查地区属于“牙里不藏思巴万户府”的统辖范围。明代的帕竹王朝亦维持了整个卫藏地区与中央政权之间的服属关系，加查一带则属帕竹王朝的“答噶尔卜寨”统辖范围。
至公元17世纪之后，佛教格鲁派逐渐以其日益强大的势力成为西藏地方政教合一的统治系统。这期间由西藏地方政府在加查一带分别设立了加查和拉绥两个宗政权，由噶厦委派“宗本”进行行政管理，这一体制一直沿袭到1959年西藏民主改革之前。
1951年西藏和平解放后，加查地区由塔布地区工作委员会设立了加查、拉绥两个办事处。1959年5月，按照西藏工委的统一部署，将原属西藏地方政府的加查、拉绥两宗合并成立加查县，归划山南地区领辖。同年正式成立加查县人民政府及相应的下属行政机构，县治所在地为安绕乡仲巴村。
