地处藏南雅鲁藏布江中游河谷地带，四面环山，多河流峡谷地带。地势西高东低，平均海拔３ ２００米。聂拉降巴雪山海拔６ ７００米，为境内最高点。共有２６５条河流，其中雅鲁藏布江是流经县境的主要河流，境内河长９２．９千米。境内还有达龙沟、色布龙曲、觉不朗三条河流均属雅鲁藏布江支流，流域面积２ ６２０平方千米，占行政区总面积的５８％。加查是雅鲁藏布江中游地区一个多水系、多湖泊分布的县，主要湖泊有拉姆拉错、雍错、江斯拉错等大小湖泊１６０个，面积较小，多系滑坡、泥石流、洪积及山崩等物质堵塞河谷而形成的堰塞湖。属高原温带半干旱季风型气候区，光照充足，辐射强，日温差大，雨季集中，冬春季干燥多风。年均气温８．９℃，年日照２ ７５０小时，年均降水４９２．７毫米，集中在５～９月，占全年降水量的９３％，无霜期１４９天。自然灾害主要有洪水、冰雹、霜冻、干旱、病虫害等，其中洪水是主要的自然灾害。冰雹年均３次，集中在７～８月。矿产主要有铜、砂金、石墨、水晶、滑石、花岗岩、铬铁矿等，其中滑石矿储量１７５万吨。野生动物主要有麝、狐、狼、獐、马鹿、黑熊、棕熊、马熊、旱獭、水獭、白唇鹿、艾叶豹、藏羚羊、金钱豹、藏马鸡、绿尾虹雉等。野生植物主要有虫草、贝母、当归、雪莲、党参、狼毒、一枝蒿、黄牡丹等。
